Бавтугайская школа-интернат была открыта в 1961 году, с целью реализации права на образование детей зон отгонного животноводства. Расположена школа с. Старый Бавтугай на берегу реки Сулак.
Ее история переплетается с развитием гидроэнергетики в Дагестане, так как строилась она в те годы, когда здесь возводился каскад Сулакский ГЭС , а рядом с. Бавтугай рос поселок гидростроителей. И сейчас энергетики Дагестана оказывают школе шефскую помощь.